Jonathan Nubel est né en 1977 à Mulhouse. Il commence l’étude du violon à l’âge de 6 ans d’abord à l’École municipale de musique de Saint-Louis (Haut-Rhin), puis à l’École nationale de musique de Colmar auprès de Jean-Luc Bouveret. A l’âge de 14 ans il découvre le violon baroque qu’il aborde en autodidacte puis au Conservatoire de Strasbourg auprès d’Alice Piérot et Stéphanie Pfister pour l’instrument et Martin Gester pour les disciplines théoriques et la musique de chambre. Parallèlement il participe aux sessions d’orchestre et de musique de chambre à la Schola Cantorum de Bâle. Il reçoit en outre les conseils de Chiara Banchini, Didier Lockwood et Paolo Pandolfo. Il obtient un diplôme de spécialisation en musique ancienne au Conservatoire de Strasbourg.
Depuis 2000 il est engagé dans de nombreuses productions en Europe au sein d’ensembles spécialisés dans un répertoire allant de la Renaissance au classicisme. Il a ainsi ainsi pu jouer sous la direction de chefs tels que Ton Koopman, Christophe Coin, Barthold Kuijken, Martin Gester et accompagner notamment Mireille Delunsch, Vivica Genaux et Sandrine Piau. Il est actuellement actif au sein d’orchestres tels que Les Paladins, l’Ensemble Baroque du Léman ou bien encore Le Moment Baroque dont il est le Konzertmeister depuis 2014. Il est par ailleurs le fondateur de l’ensemble Cappella Argentorata créé en 2016.
Enfin, il a donné des masterclasses au Liban et en Pologne, et a participé à l’enregistrement de plusieurs disques et captations tant télévisées que radiodiffusées (France Musique, Arte, RSR).
Parallèlement à ses activités de musicien, Jonathan Nubel a poursuivi des études de musicologie à l’Université de Strasbourg, couronnées par un doctorat soutenu en 2007. Il y a enseigné l’histoire de la musique sacrée et l’hymnologie et a été boursier de la Paul Sacher Stiftung en 2010. Il est actuellement actif au sein du Labex GREAM de l’Université de Strasbourg. Son champ de recherches s’étend de la musique de la Réforme (cantate allemande, hymnologie réformée) aux musiciens contemporains (compositeurs de l’aire germanique, répertoires actuels pour instruments anciens) ainsi qu’aux questions d’interprétation de la musique ancienne.
Il se consacre également à la vulgarisation auprès du grand public notamment au travers de conférences, avant-concerts (Philharmonie de Paris).