Jonathan Rubin, luth, est né à Sydney. Il commence sa carrière musicale comme guitariste. En 1973, l’Australia Council lui octroie une bourse pour étudier à la Schola Cantorum Basiliensis où il obtient un diplôme de musique ancienne. Il se perfectionne ensuite comme continuiste au luth, au théorbe et à la guitare baroque.
Il a publié plusieurs éditions chez Tree Edition d’œuvres pour luth de Purcell, Weiss, Satie, Debussy et Anna Magdalena Bach. Sa conception novatrice du luth est exposée dans une série d’articles de la Lute Society Newsletter.
Jonathan Rubin travaille aussi avec Michel Corboz et l’Ensemble Vocal de Lausanne, le Freitagsakademie, Christophe Rousset et les Talens Lyriques, Marc Minkowski et Les Musiciens du Louvre, Jean-Claude Malgoire et La Grande Ecurie du Roy, Jordi Savall, Hervé Niquet, Heinz Holliger, Jill Feldman, Monika Mauch, Nima ben David, Gabriele Fontana ou Judith Nelson. En 1986, il débute une collaboration régulière avec William Christie et Les Arts Florissants, notamment lors de la production du Retour d’Ulysse de Monteverdi. Jonathan Rubin a participé à plus de 60 enregistrements pour le continuo.
Il enseigne le luth depuis 2000 au Conservatoire Populaire de Musique de Genève, et est, depuis 1980, professeur de luth à la Haute école de musique de Genève.